В общем-то, вроде как все основные преимущества уже перечислили, поэтому позволю себе в некотором смысле повториться и немного обобщить
1. поддержка Microsoft специфичных приложений и средств разработки: ASP, .Net Framework, MSSQL, Access.
т.е., если сайт или корпоративная система клиента разработана с использованием данных технологий, то ему однозначно необходим хостинг на Windows.
Сюда же в некотором смысле можно отнести Frontpage, который правда давным - давно перестал развиваться, ColdFusion (лично я не вижу на него заметного спроса у нас в стране).
2. - возможность использования вместе с microsoft specific технологиями также PHP, Perl, MySQL.
т.е., если на Unix вы никогда не сможете полноценно работать с ASP и ASP.NET, то на платформе Windows возможна установка и нормальное функционирование практически всех популярных PHP/MySQL скриптов и приложений.
3. - возможность администрирования через Remote Desktop (удалённый рабочий стол), программа для доступа к которому сейчас базово встраивается во все версии Windows XP (т.е. не требуется установка всяческих доп. утилит типа Radmin, VNC и т.п.).
Сюда же можно отнести возможность установки и использования на сервере различных виндовых приложений и сервисов (ICQ, почтовый клиент, касса яндекс.денег, вебмани, метатрейдер и т.п.)
Это касается Windows VPS/VDS и физических выделенных windows серверов.
4. - Microsoft-specific бизнес решения, такие как Sharepoint Portal Services, Microsoft CRM, Exchange.
На массовом рос.рынке данные услуги пока широко не представлены.
5. - скорее недостаток, а не преимущество
Необходимость лицензионных отчислений, гораздо более высокая цена для конечного пользователя, который даже несмотря на кажущуеся более простое освоение хостинга на Windows, выбирает то, что банально дешевле. Однако, уверен, что такая ситуация должна перемениться.