Я не думаю, что хостер вам сможет помочь в данном случае.
Я могу описать примерный механизм того, как вставляется ифрейм (некоторые хакеры используют такой метод для заработка - за каждую загрузку вируса/трояна по ссылке им капают деньги):
находится 1 уязвимый сайт на хосте или покупается в соответствующем месте (forum.web-hack.ru подойдет) веб-шелл или фтп доступ к одному аккаунту. После этого производится поиск всех файлов, доступных на запись (сначала надо получить список виртуальных хостов или домашних папок юзеров, затем можно использовать открытую статистику (если хостер держит вебализер или подобное) и т.д. итог - создание для себя достаточного дерева хтмл файлов и скриптов, куда, если апач запускается без суекзека (т.е. не под юзером проще говоря), мы можем вставить фреймы) и затем туда записываются фреймы - как и чем угодно - я не думаю, что у хостера в логах хранятся например все вызовы cp/cat/mv за последнюю неделю... - так что спрашивать хостера тут не очень эффективно. Да - и кроме того - уже давно существуют скрипты для автоматизации описанного выше процесса (стоят недорого, а кое-какие и бесплатно) - так что даже если будет определен вдруг ip злоумышленника, то это может оказаться адресом хоста, с которого он инициировал выполнение скрипта (wget ом например)

Вот проследить, чтобы ваш сайт не был виден злоумышленнику или о его внутренней струкруте было минимум информации - это уже дело владельца сайта...
что-то я ушел в оффтоп и даже вроде защищаю хостеров... но поверьте - по собственному опыту говорю - хостеру поймать злоумышленника в данном случае сложно