Недавно установили модуль Stats Control, позволяющий подключать статистику AWstats к DirectAdmin.
Но по ночам(когда awstats обрабатывает статистику) заметил нагрузку на процессор 97% от процесса awstats.pl
Кто-нибудь сталкивался? Как лечили?

DirectAdmin здесь не при чем.
Это врождённое свойство AWstats - сьесть всё, что можно при обработке больших логов. Могу порекомендовать не злоупотреблять ею и подключать не всем клиентам вподряд.
Правда не помню, позволяет ли такое DA (сипанель позволяет...)

он и 100 % может кушать. это перловский скрипт а они пытаются забрать весь цпу который только можно. это не страшно, главное чтобы этот процесс не висел запущенным слишком долго иначе у вас будет возрастать обшая нагрузка на сервер.