насколько трудно самостоятельное администрирование сервера под один сайт без оплаты за панели? где можно найти руководство по настройке "от и до" под freebsd, скажем?
или дешевле по трудозатратам выйдет заплатить за первичную установку связки php+mysql+apache+dns+ftp и спокойно дальше юзать уже настроенный сайт?

Я думаю многие со мной согласятся, что если нет опыта администрирование сервера, то все таки будет лучше с панелью.

ну когда-то же надо учиться начинать

Под один хороший сайт, не разбираясь в админстве, мы бы заказали первичную настройку с обязательной запиской что было сделано "вне стандарта" и всё. Только что бы проставили и файрволл, и брутфорс блоккер, и уведомлялку на мыло о проблемах и мониторинг нагрузки и все остальное в таком духе.
По крайней мере будете избавлены от загадочных проблем с панелью, денег на неё и любые маны к Вашей оси подойдут без всяких догадок на тему "а что же это панель тут на меняла и где теперь всё это искать". Манов по обращению с ОС намного больше чем с панелями.

Панель админа не заменит
Если есть желание научиться самому - http://dedic.ru

Жаль нет никаких "туториалов", где бы подробно разжевали тот "базовый" процесс которые делают админы при "базовой" настройке серверов. Т.е. установку с 0 того самого джентельменского набора.

да, довольно странно что нет такой информации
зато много фирм, предлагающих свои услуги по администрированию

Немного есть.
Совершенно не претендует на полноту и актуальность, но всё же для ознакомления сойдёт...
Цикл статей по настройке выделенного сервера

Отключают все ненужное

Ага, так и запишем.
Клиент (20:00): Меня взломали, почините пожалуйста сервер и настройте безопасность
eSupport (20:05): всё готово
Клиент (20:06): а что именно?
eSupport (20:07): всё конечно, говорю же, я уже "отключил все ненужное" ©

Когда сервер взломали - то надо делать переустановку ОС.
А конкретная защита зависит от конкретного ТЗ

да вроде как на opennet полно статей как сделать... причем 95% из них именно под одиночный сайт.
( только надо читать отзывы на статьи а то иногда там советуют очень интересные вещи)

Там всё сумбурно и отрывочно и надо читать комменты к статьям. Что для абсолютно полного новичка очень тяжело. Ведь даже не оценить полезность и полноту материала. Интересен был бы именно полный нулевой мануал.
Нам например такой вот понравился http://www.liveinternet.ru/users/etch/ , но и это далеко не идеал.