Подскажите, как настроить, чтобы сайт был на одном сервере, а почта на другом. На сервере стоит WHM/cPanel.

Надо отредактировать MX записи в DNS. Не знаю, как это делать в указанной панели.
С принципом можно ознакомиться на www.dns-master.ru/help/

Нужно чтобы реселлер\администратор подкорректировал

Если прописать MX то работать будет, но тогда из Сapnel на сколько я знаю создавать дополнительные email адреса нельзя будет, то есть создаешь их на почтовике и все работает, но зачем оно такое нужно, вопрос в другом поддерживает ли Cpanel БД SQL на отдельном сервере, а не локально если да, то можно и почту сделать!

WHM Manager >> SQL Service >> Setup Remote MySQL server это для того что бы настроить отдельный сервер MySQL
Почту можно держать на отдельном сервере поменяв MX записи, но при этом создавать и удалять почтовые аккаунты, Вы не сможете из панели управления. Cpanel на данный момент этого не поддерживает.
Вам надо будет создать ящик на сервер в ручную и после этого почта будет ходить.