Мы тоже замечали разное поведение этих двух сервисов. Но вот у нас обратная ситуация

host-tracker сообщил о простое, а uptime - нет.
Проблема может быть и не в сервисах, а в пути сигнала. Они же из разных точек мониторят ссервера. Вот когда бульдозер в Финляндии кабель перебил, host-tracker сообщил о простое, хотя простоя не было, просто с Европы к нему пробиться было нельзя. А uptime пробился, потому что по другому маршруту мониторил.
Ставьте оба