Как то сложно оказалось это из документации на сайте выяснить.
Вопрос такой: увязана ли панель управления с работающим в системе Apache и PHP, или это отдельная система?
Хочу на своем VDS сменить PHP на 5ю версию, но опасаюсь "как бы чего не поломать".

любая панель управления хостингом вносит свои изменения в систему, какая-то больше какая-то меньше. Насколько мне известно, isp manager использует apache и php из дистрибутива системы. Если у этой os вышло официальное обновление php до 5 версии - сменить не проблема. иначе - возможно, но сложно.

Меняйте все что угодно, ничего не поломается.
Иногда при смене того или иного софта нужно внести небольшие измениения в конфиг.

В вашем случае, при замене версии php нужно будет изменить (или добавить) путь до диры где храняться расширения php, иначе отвалится возможность управления этими расширениями через панель, что вообщем не является критичным.

Я сменил, все работает ...