Какие могут быть проблемы при сборе сервера на базе бытовой материнки.
В чем критичные различия с серверными платформами?

иногда никакие
под какие задачи будите использовать коробочку?

под клиентские сервера предпологал.

Ну если совсем просто ответить, то
На то они и серверные комплектующие, чтобы их использовать в серверах. И наоборот.
Обладают повышенной устойчивостью, надежностью. Адаптированны для конкретных целей.

А обычные мамы делают в принципе для другого.. для пользователей с другими запросами и нуждами.

При серьезной эксплуатации сервера, построенного на базе дешевых плат, возникновение проблем не избежать, причем возможно даже очень серьезных.

Хотя, наверное, каждая плата плате рознь...

Если на вашей железке будет один три сайта то вполне вероятно что им даже понравится… можете экспериментировать соберите коробочку погоняйте её…
На Cel-2Ghz/512Mb/80Gb/case InWin V500/lan 100Mb можно разместить сайт с посещаемостью 100 в онлайн, и больше 4-5 к. пользователей в стуки, сайт грузит коробочку на 30% и генерит полосу от 0,6 до 1 мегабита…

...Ещё какой либо сайт размещать на этом сервере не имеет смысла, нужен запас по ресурсам…. Вдруг туда нагрянет ещё 10к пользователей.