Есть один домен, у него есть много поддоменов которые раздаются на несколько серверов.
Делается это вручную через DNS панель в Cpanel или Plesk

Часть первая:
решения, для того что б автоматизировать создание доменов делается wildcard через mod_vhost_alias

<VirtualHost *>
ServerName domain.com
ServerAlias *. domain.com
DocumentRoot /var/www/html/php/MultiSites
User apache
Group apache
</VirtualHost>

Часть вторая:
Как сделать так что б процес обновления DNS для новых поддоменов был автоматизирован?

то есть к примеру запускать какой то скрипт с параметром (имя поддомена+ip одного из серверов) который:
1. обновил DNS
2. создал папку для поддомена на нужном сервере
3. создал сайт в поддомене на нужном сервере
?