Подскажите как лучше в Директи деньги класть? Есть-ли способ получше. Кто как это делает если не секрет.

1. Кредитка. 2. Paypal 3. Банковский чек - но это долго.
Больше не знаю...

Можно и просто вайром. Это дешевле всего для сумм больше тысячи долларов.
Ждать 2 недели. Единственный легальный вариант для российских юрлиц. (Правда НДС надо не забыть заплатить, да и паспорт сделки оформить. Хотя, можно воспользоваться услугами знакомого офшора Того же фетхарда )
Вообще на небольших оборотах, если нет желания морочится, лучше субреселерить кого нить.

Действительно Paypal наилучший вариант, но.. не для всех доступен.