Заходите в WHM под root.
Идете в Nameserver IPs, удаляете там все что насоздавали. (это не обязательно, конечно

, но так проще, если Вы не очень умеете).
Потом идете в Basic cPanel/WHM Setup. В разделе Primary Nameserver пишете что-то типа: ns1.mydomain.com. Жмете Assign IP и Add A...
В разделе Secondary Nameserver тоже самое, только ns2.mydomain.com
Потом создаете аккаунт на адрес mydomain.com
В итоге, у Вас должно получится в днс:
зона ns1.mydomain.com:
ns1.mydomain.com. A 111.111.111.111
ns1.mydomain.com. NS ns1.mydomain.com.
ns1.mydomain.com. NS ns2.mydomain.com.
зона ns2.mydomain.com:
ns2.mydomain.com. A 222.222.222.222
ns2.mydomain.com. NS ns1.mydomain.com.
ns2.mydomain.com. NS ns2.mydomain.com.
И зона mydomain.com (как минимум следующее):
mydomain.com. A 111.111.111.111
mydomain.com. NS ns1.mydomain.com.
mydomain.com. NS ns2.mydomain.com.
Лично мне больше нравится более элегантная настройка, когда все делаетсяв одной зоне mydomain, которая выглядит так:
mydomain.com. A 111.111.111.111
mydomain.com. NS ns1.mydomain.com.
mydomain.com. NS ns2.mydomain.com.
ns1 A 111.111.111.111
ns2 A 222.222.222.222
Тогда доп. зоны для ns1 и ns2 уже не нужны.
И проверьте, чтобы в SOA тоже был прописан правильный ns1.mydomain.com
Вот такой небольшой трактат. Будем давать на него ссылку клиентам