Есть. Например можно настроить ограничение в 5 коннектов с одного IP и тогда яндекс не повалит сервер. Можно и иначе делать...

[*]Часть хостеров делает более демократично, не фиксируя забор ресурсов из свободных (Т.е. если мой скрипт съел 80% процессора при том, что 20 оставшихся не загружены, то это не превышение) Что уже уменьшает количество проблем.

Вы ведь даже предлагаете сами установить этот форум вашим клиентам. И при этом ваши спецы не дают даже простейших рекомендаций из разряда Disallow: /viewtopic.php?p=. Не говоря уже о наличии "SE-friendly MOD" для форума, что я тоже узнал случайно. То же самое касается информации о поисковых системах вообще. Один ваш сотрудник на форуме отвечает на мое предложение добавить 10-секундную задержку к скрипту "Да, это правильный способ", через два дня другой сотрудник в разговоре сообщает что такая мера с вероятностью 99% убьет индексирование моего сайта. Сделайте коротенький FAQ на тему форумов и поисковиков - и десятки ваших клиентов будут вам благодарны за предупреждение и возможные способы решения.

При том количестве сайтов, что есть в интернете, вероятность, что Яндекс займется вплотную сразу 10 сайтами с одного сервера я так понимаю близка к 0. Соответственно, почему бы просто не сделать клиентам скидку на разовые посещения Яндексом? Ну удвоится нагрузка одного-двух клиентов на час-другой. Неужели фатально? Проверить по логу это элементарно. А так при посещаемости 100 человек в сутки вы мне предлагаете тариф за 20уе. исключительно из-за яндекса.

Именно это выгодно отличает шаред хостинг от VDS. Если только на шареде не 1000 клиентов сидит...

Это претензии не к хостеру. То, что вы хотите узнать в FAQ и бесплатно, уже относится к "KnowHow" оптимизации и эти консультации стоят от 15$ в час, а не 10 в месяц.

Залейте на хостинг сайт из 10-20К страниц, хорошо перелинкованых. И проставьте на него 3-5 ссылок с PR7.
Через полдня узнаете, что думает хостер о Вас, вашем сайте, этой жизни и пр. и пр. и пр...
И не надо никаких 10 сайтов - хватит одного.

Ваш способ замера времени Tконца_скрипта - Tначала_скрипта имеет мало отношения к реально использованному мной проц. времени. Если мой скрипт ждет файл, а диск занят бекапом трех других сайтов, то время тикает? Хотя процессор не используется ни на йоту. То есть просуммировав время по всем скриптам, вы с удивлением обнаружите, что .. процессор работал 33 часа в сутки

Вы очень наивно пишите. Это был бы настолько наглный момент с нашей стороны, что ой.
Замеряется, конечно, именно процессорное время.

Остальное постараюсь откомментировать позже.

Обещал комментировать еще, но нет, к сожалению, простите, больше комментировать не могу. Дело в том, что действительно, правильно и корректно прокомментировать все ваши вопросы - это огромная работа. Я не готов на неё.
Частичные ответы только подтолкнуть вас к неправильному пониманию ситуации.

Замер производится таким методом - производится замер процессорного времени потока до и после исполнения запроса на Apache, затем если время превышает 30ms, оно записывается в файл. Время по часам суммируется, делится на длительность часа - получаются проценты.

Cправедливости ради должен заметить, что RBC справился с проблемами - время упало до вполне приемлемого

Всё же замечу, что это противоречит модели хостинга, и весьма вероятно что время будет плавать. Имеет смысл разговаривать о статистике за пол года - год.
Аналог - если я вдруг сегодня доеду до работы за 40 минут, а не за 2 часа, это не значит, что Лужков справился с проблемами в Москве , это просто означает, что я доехал до работы за 40 минут.

Да, но если вдруг это произошло 15 раз подряд, вы наверняка подумаете - неужели жизнь становится лучше?

Я был бы счастлив.

Например, вам было предложено перенести сервер на новый сервер mySQL (или не вам?), который пока пуст. Это было месяца 3 назад. И он до сих пор пуст. Так сложилось. И 3 месяца у вас были бы очень хорошие показатели по этому параметру.
В общем, посмотрим в долгосрочной перспективе.

Если честно уже не знаю. Вчера я стер свой сайт с их хостинга. По разным причинам. Может быть была даже MySql4 - не помню.

Как вы всё таки непоследовательны в своих тестах...